SundhedsRådet vælger hvert år til Repræsentantskabsmødet medlemmer til en række interne udvalg. Alle som har tilknytning til Sundhedsrådet kan deltage på SundhedsRådets udvalg og komme med forslag til nye udvalg ved det årlige Repræsentantskabsmøde. 

Formålet med udvalgene er at diskutere- og komme med forslag til bestyrelsen inden for PR, forskning- og vidensdeling, standarder for optagelse, standarder for uddannelse inden for alternativ behandling, lovgivningsspørgsmål og etiske spørgsmål. 

PR Udvalg

Arbejdsområdet for PR udvalget er at lave PR for SundhedsRådet. SundhedsRådets hjemmeside og Facebook side er SundhedsRådets primære kommunikationskanaler. 

Vidensdelingsudvalg

Arbejder med at indsamle information og erfaringer med videnscentre uden for Danmark til inspiration for Sundhedsrådets lobby-arbejde for genoprettelsen af et dansk videnscenter som det tidligere ViFAB. 

Arbejder desuden med at indsamle- og videreformidle information om forskningsdatabaser og videnscentre, hvor behandlere i Danmark kan få indsigt i forskning inden for alternativ- og komplementær behandling.

Optagelsesudvalget

Arbejder på udvikling af standarder for optagelse som medlem af sundhedsrådet samt fremmer netværk og samarbejde mellem.

Arbejder på at skabe gode netværk og samarbejder mellem de alternative skoler og brancheforeninger som ønsker at blive medlem af SundhedsRådet

Uddannelsesudvalg

Arbejder for samarbejde om standarder for uddannelse og eksamen inden for alternativ behandling.

Lovgivningsudvalg

Beskæftiger sig med lovgivningsspørgsmål som har betydning for alternative behandlere og skoler inden for alternativ- og komplementær behandling.